潜伏感染是伪狂犬病病毒（PRV）的一个最重要生物学特征。潜伏感染阶段，PRV的DNA可以整合到贮存宿主（如猪）的细胞基因组中，宿主不表现临床症状，病毒与细胞之间形成长期的“和平共处”状态。
潜伏感染的特征
在整个潜伏过程中，无感染性病毒粒子存在，但PRV基因组存在于细胞基因组内并且病毒基因组的一定区间仍在转录，该基因区段称为LATs，位于基因组图谱的0.69~0.77单位之间，采用RT-PCR方法可检测到潜伏相关转录物。
作为病毒潜伏感染时唯一被转录的基因，LAT的启动子与病毒其他的启动子有差异，其启动子序列与UL1-3.5基因簇的启动子重叠，但转录方向相反。利用报告基因检测LAT和UL1-3.5的启动子活性，后者不体现起始转录活性，而LAT启动子在神经细胞和非神经细胞中都具有转录活性，说明UL1-3.5的启动子功能发挥需要病毒或细胞的其他因子的参与，而LAT可以自主地转录。在一个潜在的潜伏相关的启动子区缺失757bp可以使病毒的毒力大大降低，可能与其在神经组织中活性有关。有报道HSV-1能造成大鼠的潜伏感染，也有报道PRV在猪的三叉神经节中存在潜伏感染，并检测到在猪的其他组织中也具有这种现象。
此后，通过PCR检测发现，猪感染PRV在很长时间后在扁桃体中可以检测到PRV的DNA，表明PRV的主要潜伏部位在三叉神经节、嗅球和扁桃体内。当机体受到外界不利因素如应激和免疫抑制剂等作用时，处于潜伏状态的PRV可被激活产生有感染性的病毒粒子，引起有明显临床症状的复发性感染，并不断向外排毒造成本病的暴发，这也是目前消灭和根除伪狂犬病的主要困难所在。所以，伪狂犬病毒的潜伏感染深受人们的关注。无论是自然感染猪还是人工感染猪都能建立起潜伏感染，这已经为许多研究者所证实。
PRV有高度的嗜神经性，常潜伏部位主要是三叉神经节和嗅球，病毒被激活后则沿着神经干向中枢神经系统（CNS）扩散引起神经系统功能紊乱，从而出现典型的神经症状，这一点已经通过人工感染家兔得到了证实。
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潜伏感染的检测
潜伏感染的检测以前常用体外移植试验，从活体无菌收集活组织，用化学物质如地塞米松处理活化，然后接种到单层细胞培养物中，分离活化的病毒，这种技术检测潜伏感染受多种因素如病毒毒株、接种量、接种途径和猪的免疫状态等因素的影响，并且在猪场收集这样的样品较困难，所以这种方法实际价值不大。
随着分子生物学的发展，许多新技术的应用加速了对PRV潜伏感染的研究。自第一次报道采用DNA-RNA杂交检测PRV的潜伏感染来以来，许多学者相继报告了印迹杂交、斑点杂交、原位杂交等方法对PRV潜伏感染的研究，这些方法费时费力且敏感性低。
PCR技术的出现为研究PRV的潜伏感染来提供了极为有用的工具，研究表明：PCR是检测潜伏感染的一种敏感实用的方法。各种疫苗的广泛使用对控制伪狂犬病起到了积极的作用，尽管PRV弱毒活疫苗（MLV）和野毒（WT）都能在猪体内建立潜伏感染，但弱毒活疫苗株在三叉神经节的定居可以干扰甚至阻止随后的野毒感染；先用PRV弱毒活疫苗免疫再用强毒攻击，利用定量PCR检测猪的三叉神经节内野毒潜伏的病毒量。结果表明，预先潜伏在三叉神经节内的MLV病毒量与强毒攻击所建立的潜伏水平之间呈负相关，强毒的潜伏最显著减少，并且强毒激活散毒也明显减少；弱毒活疫苗的肌内注射接种与鼻内接种相比，肌内注射接种弱毒活疫苗能更有效阳止强毒的潜伏感染，表明PRV弱毒活疫苗的应用使强毒潜伏感染和再激活的可能性大为降低。
对PRV神经嗜性所必需的病毒蛋白进行详细的分析，用小鼠、豚鼠和猪所做的实验表明神经嗜性的关键蛋白之一是gE。缺失gE可大大致弱PRV，但并不影响缺失毒经鼻内感染鼠或猪后在鼻腔上皮的最初复制。gE对病毒进入初级神经元也是非必需的，但严重阻断病毒经突触传递到上一级神经元内，从而极大地限制了病毒的嗜神经性。gE和较次要的gI是发挥这种嗜神经性的主要非必需性糖蛋白。其他那些在细胞培养上对病毒在细胞之间传播所必需的蛋白对病毒在动物体的神经元之间的传播也是必要的，包括gB和gH。因为在细胞培养时，gD对于细胞间的突触传递是非必需的，但对病毒进入最初感染的靶细胞是必需的。因此，表型gD互补的gD-PRV在最初感染复制后可侵入中枢神经系统，并可在鼠建立潜伏感染。
PRV特殊的神经传播特性启发了神经解剖学家利用这种病毒示踪神经之间的相互联系。几个在CNS中有限增殖的PRVgE缺失突变株已被应用于此项研究。通过向PRV突变株中插入所表达蛋白易于鉴别的标记基因如β-半乳糖苷酶基因或绿色荧光白基因可便于鉴定被感染的细胞。最值得注意的是，用成对的不同基因型和表型的PRV突变株能够同时示踪不同的神经通路。
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